在原竞价排名的机制下，百度将普通的搜索结果和竞价排名的搜索结果排列在一起，仅在相关搜索结果的右下角以“推广”二字标出;另外在一个搜索结果页面上最多可能出现十条竞价排名内容，并且排列在最上面，容易造成用户使用的不便。
启用凤巢之后，百度将搜索页面的广告位分为左上、左下、右侧三个部分，其中变化最大的就是左侧的广告位和表现形式。在新的凤巢系统下，百度在普通搜索结果的最上方和最下方分别开辟了两个广告区域，以较深的底色、并在右上角标注“推广链接”字样等方式，同普通的搜索结果内容进行显著的区隔，并且每个区域的推广链接一般不会超过三条。
不过，如果推广信息和用户的搜索结果匹配度非常高，百度仍将沿用原竞价排名采用的“推广”模式。如果达不到相关的标准，就会以新的方式予以展现。除了外在的表现形式，凤巢和竞价排名在结构方面也有了明显的变化。百度方面透露，此前竞价排名的结构方式为“推广平台-关键词组-关键词A……N-单一创意”，而在凤巢系统下这一结构变为“推广平台-推广计划-推广单元-关键词对应创意”。
对于上述变化，百度商业运营副总裁沈晧瑜指出凤巢能够针对不同产品线、不同的推广战役、不同的地域市场，带来面向不同推广目标的精细化管理模式。“凤巢是百度商业产品的一次重大更新”，沈皓瑜表示。
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