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办理商标注册网上申请的，应当按以下流程办理：
一、申请"商标数字证书"ｌ仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。
商标代理组织应当先申请"商标数字证书"，然后才能代理商标网上申请。
详情请点击"商标数字证书申请指南"，查阅"商标数字证书申请流程"。
二、下载并安装数字证书驱动程序和安全应用控件
仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。商标代理组织应当登录商标网上申请系统首页，下载数字证书驱动程序（ＵＳＢ－ＫＥＹ驱动）和安全应用控件软件，并按照"商标数字证书（ＵＳＢ－ＫＥＹ）安装指南"的要求进行安装。
详情请查阅"商标数字证书安装指南"和"商标数字证书使用注意事项"。
三、登录网上申请系统，选择书式，提交商标网上申请
１、登录：商标代理组织选择"商标代理组织登录"，插入数字证书，输入ＰＩＮ码，点击"登录"进入商标网上申请系统。
２、填写申请信息：登录系统后，选择申请书式，按要求填写申请内容。详情请查阅"商标注册网上申请填写要求"、"商标注册网上申请用户手册"。提示：１）请认真阅读网上申请系统提供的指南和填写要求，并按要求办理。
3、在本系统当日接收时间的范围内，可以通过"申请查询"功能，查看本商标代理组织或商标申请人当日提交的申请信息。３）对于商标代理组织，在提交申请前，可以将申请信息"页面另存"，离线校对。在本系统当日接收时间的范围内，可以通过"申请查询"功能修改申请信息。
四、缴纳商标规费商标代理组织应当在提交申请前向商标局足额预付商标规费。详情请查阅"商标网上申请缴费须知"。五、确认网上申请是否提交成功。成功提交商标网上申请后，商标局要求递交相关纸质申请材料的，应当按规定办理。
（一）确认是否提交成功
１、提交商标注册网上申请的，应当于网上申请的下一个工作日，登录本系统，通过"申请查询"功能检索出上一个工作日的申请，查看提交状态：
（1）标识为"下载"状态的，表示该申请提交成功。
（2）标识为"更新"状态的，表示待确认该申请是否提交成功。造成网上申请下一个工作日仍然是"更新"状态的原因有二：一是该申请的某些数据格式（如商标图样的数据格式）不符合要求。
2、是商标局网上申请系统故障。如果是因为网上申请系统故障，商标局将在本系统的首页发布滚动公告，申请人或受其委托的商标代理组织应当在商标局发布故障排除的公告后再确认是否提交成功。
如果是该申请的某些数据格式（如商标图样的数据格式）不符合要求，申请人或受其委托的商标代理组织应当及时与系统管理员联系经确认为数据格式不符合要求的，视为该申请没有提交成功，申请日期不予保留，该网上申请将被删除，但申请人或受其委托的商标代理组织可以另外提交书面申请。
３、查询不到的，表示该申请没有提交成功。
重要提示：网上申请下一个工作日仍然是"更新"状态的，应当首先查看商标网上申请系统首页的滚动公告是否有系统管理员发布的相关信息；如果没有，应当立即与系统管理员联系。
（二）成功提交商标注册网上申请后，按下列规定办理：
１、目前的过渡期内，成功提交商标注册网上申请后，需要按下文的要求提交纸质申请书。过渡期结束后，不再需要提交纸质申请书。过渡期的结束日期及过渡期结束后的有关规定，商标局将另行公告。
２、目前的过渡期内，递交纸质申请书的具体操作方法：步骤一，下载电子申请书：网上申请的下一个工作日，登录本系统，通过"申请查询"功能，下载前一个工作日提交的商标注册网上申请的电子申请书（ＰＤＦ格式）。该电子申请书与前一个工作日提交的网上申请信息一致，申请人或受其委托的商标代理组织不能作任何修改。
备齐相关纸质申请材料：打印步骤一下载的ＰＤＦ格式的电子申请书（应正反面打印；彩色图样的，应彩色打印），再加盖公章。制备商标注册网上申请清单。步骤三，递交商标局：于且必须于自提交网上申请之日（不含）起的１５个工作日内，将步骤二备齐的纸质申请材料和清单递交商标局收文部门。
前述期限按《商标法实施条例》第十条的规定计算。由于网上申请和非网上申请在商标局内部的处理流程不同，因此，要求商标代理组织或申请人应当将上述网上申请的"纸质申请材料"与不是采用网上申请的"商标申请书及其相关申请材料"分别提交到商标局收文部门。违反上述要求的，按《商标网上申请试用办法》有关规定办理。
３、提交的纸质申请书与商标局收到的电子申请书不一致的，以商标局收到的电子申请书为准。
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